Se você iniciar um Tweet com "@username", somente essa pessoa e as pessoas que seguem você e essa pessoa verão o Tweet.
Se você quer ser visto se dirigindo a uma pessoa em particular, adicionar algo antes do "@username" é a maneira mais simples de fazer isso.
Você poderia fazer algo como:
Você sabia @username ...
ou
Olá, @username ....
mas estes ocupariam ainda mais caracteres do resto da mensagem. Um único caractere ocupa menos espaço e um ponto é o menos invasivo.
É tudo sobre se gabar para seus seguidores. Você está dizendo "Olha, eu estou conversando com @username" :)