Você pode se livrar de todos os comentários em uma planilha duplicando a planilha, excluindo a cópia original e renomeando a duplicada de volta para a forma como o original foi chamado. Isso preserva todos os valores, fórmulas, formatação e anotações. Apenas os comentários se foram.

Da mesma forma, você pode se livrar dos comentários em uma planilha inteira copiando-a e excluindo o original. Isso pode ser feito diretamente no Google Drive, sem abrir a planilha.
Como um aparte: os métodos de script .clear({commentsOnly: true})
que parecem ser projetados para esse fim não funcionam realmente .
Além disso, não há itens "Limpar comentários" no menu de contexto, como há um para limpar notas:

range.clearNote()
?