Ter vários domínios e sites completamente separados em pastas diferentes é perfeitamente adequado. Os mecanismos de pesquisa não têm como saber que essas pastas extras existem, a menos que você as vincule. O Google deve ver esses dois URLs como sites completamente separados.
O lado ruim é que, se você tiver um link para programming.com/cooking, ele aparecerá no mecanismo de pesquisa programming.com
e poderá aparecer em vez de cooking.com
.
Portanto, a solução é: apenas link para cooking.com
. (ao contrário programming.com/cooking
) Atenha-se a isso e você não terá nenhum problema.
EDIT: De alguma forma, pensei que você estava falando em comprar uma nova conta de hospedagem em vez de um domínio. O que você pode fazer é um subdomínio cooking.programming.com
. Isso deve fazer a mesma coisa.