Uma razão é que é mais fácil obter acesso do usuário a um servidor linux do que obter raiz ou o usuário específico que tem permissão para acessar o script. Se você definir as permissões para que qualquer pessoa possa acessar / modificar / excluir todos os scripts importantes, estará removendo uma camada de segurança que as permissões baseadas no usuário fornecem. Se alguém se deparar com uma conta de usuário , poderá derrubar seu servidor. A melhor segurança é construída em camadas.
Talvez sua pergunta seja baseada em como as contas FTP funcionam. Se você tiver uma conta de acesso ftp completo a um servidor, poderá fazer o que quiser com os arquivos disponíveis, independentemente de sua permissão. Isso é uma insegurança ao permitir acesso FTP completo a um servidor.
Isso não se limita aos servidores Linux, apenas usando-os como exemplo.