Depende da sua escala de tempo. No momento, o Flash é muito mais difundido que o HTML5, principalmente devido ao suporte do navegador (goste ou não, até que o IE9 seja lançado e amplamente adotado, esse continuará sendo o caso).
No entanto, acho que com o tempo o HTML5 / Canvas se tornará a tecnologia dominante - pelo menos para itens como vídeo, animações e interatividade simples. Suspeito que o Flash (e o Silverlight) se adaptem e sobrevivam, mas terão mais um nicho de mercado.
Não acho que você perca seu tempo aprendendo Flash, mas se eu fosse você, analisaria primeiro o HTML5. Haverá muito menos especialistas em HTML5 em um futuro próximo e mais demanda por seus serviços, então eu consideraria a coisa mais inteligente a se fazer.