Foi-me dito que o .htaccess deve ser evitado sempre que possível, pois reduz o desempenho do servidor e novos servidores o desabilitam ou simplesmente não o implementam mais.
A parte sobre compatibilidade não é absolutamente verdadeira; a parte sobre desempenho é meio verdadeira, mas provavelmente irrelevante para você.
O que a pessoa que você citou provavelmente estava falando é que é mais rápido colocar as regras do Apache na configuração central em vez dos arquivos .htaccess: os primeiros são carregados uma vez no processo do Apache e não precisam ser consultados em todas as solicitações.
No entanto, isso não é possível na hospedagem compartilhada - o uso de arquivos .htaccess é a única opção disponível.
Se você tiver a oportunidade de colocar opções de configuração na configuração central (ou seja, você tiver acesso de administrador ao servidor) e estiver preocupado com o desempenho, faça-o. Mas é provável que isso não seja realmente um problema. Há muitas coisas para otimizar em um aplicativo Web antes que valha a pena analisar isso.
Para tarefas simples de reescrita em um site de tráfego baixo a normal, o .htaccess ainda é o caminho a percorrer.