Você pode usar o Google AdPlanner ( wikipedia ) para criar espaços virtuais para publicidade em seu site e preenchê-los com os anúncios que desejar.
Você pode usar o AdSense ou qualquer outra rede de anúncios ou rede de afiliados ( cj.com , etc.) - ou até vender espaços no seu site diretamente para empresas que desejam anunciar no seu site.
O planejador de anúncios ajudará você a reportar resultados de quantas vezes os anúncios foram exibidos, criará cobrança para as empresas que estão exibindo os anúncios e, em geral, ajudará a organizar seu inventário de espaços.
Se você tem um site muito grande, um produto chamado OpenX faz a mesma coisa, mas você o hospeda em seus servidores. Para um site pequeno e médio, não há razão para usar esse monstro, mas você pode achar útil para sites maiores.