Não há penalidade de SEO por ter quadros ... páginas emolduradas são apenas páginas! Somente a página do quadro em si é diferente ... você normalmente só tem um se estiver usando quadros ou alguns com iframes.
Ao mesmo tempo (início dos anos 90), alguns mecanismos de pesquisa não conseguiam seguir as páginas emolduradas. Os navegadores suportam quadros desde o IE3 e o Netscrape 2. Os mecanismos de pesquisa seguem quadros há mais de 10 anos! As pessoas leem coisas na web escritas há algum tempo atrás, reescrevem e outras leem e reescrevem de novo ... sempre ... ficção em rede! Se usado em um iframe ou quadro, ainda é uma página e os rastreadores os encontram e os indexam.
As páginas emolduradas precisam de codificação extra, tag noframes e javascript para abrir a página dentro do site completo. Somente a tag noframes tem alguma influência no SEO.
Os quadros também têm alguns benefícios de SEO, pois geralmente há mais páginas. Também tive bons resultados com o encaminhamento de quadros ... a única maneira de encaminhar com segurança um site sem um 301 e ainda usá-lo para pesquisas de palavras-chave.