Acabei pesquisando a subpasta problemática através da pesquisa do site: domain.com/foo/bar/, mas na minha pesquisa encontrei um método para obter os resultados da pesquisa em um arquivo excel.
Abra uma planilha do Google Docs e use esta fórmula:
=importXml("www.google.com/search?q=site:domain.com&num=100&start=1"; "//cite")
Somente os 100 primeiros resultados serão obtidos, mas você poderá usá-lo novamente para obter os próximos 100. Basta alterar a variável de início:
=importXml("www.google.com/search?q=site:domain.com&num=100&start=100"; "//cite")
Isso fornecerá apenas 1000 resultados, conforme mencionado anteriormente pelo DisgruntledGoat, mas a fórmula pode ser alterada para fornecer links de subdiretórios específicos:
= importXml ("www.google.com/search?q=site:domain.com/foo/bar/&num=100&start=1"; "// cite")