Minha opinião: eu diria que realmente depende dos serviços / produtos / etc que você fornece. Por exemplo, se você prestasse serviços a uma área geográfica limitada, eu me concentraria nos diretórios baseados em localidades. Se você está vendendo software on-line, eu me concentro nos diretórios que classificam / listam o software.
Simplificando, identifique os diretórios que se relacionam com o setor ou mercado em que você se encontra - pois esses oferecem a melhor execução para o seu tempo e dinheiro.
(O exemplo acima foi baseado em listagens de diretórios para mais de 1000 pequenas empresas.)
PS: FYI, http://dir.google.com NÃO são os mesmos dados que http://dmoz.org , com base no meu entendimento. Além disso, o diretório do Google tem mais links, e ... adivinhar o Google trata os links do seu próprio diretório apenas um pouco melhor em termos de SEO ... :-)