Do ponto de vista do SEO, não, não é um problema para a sua página não ter raiz. URLs de índice do mecanismo de pesquisa, não importa se estão em subpastas ou não.
No entanto, do ponto de vista da experiência do usuário, você realmente não deve presumir que alguém que chega à raiz do seu site deseja ver a versão em inglês. Digamos que um usuário japonês conte a um de seus amigos sobre o seu ótimo site em www.example.com
e o usuário japonês o digite no navegador. Eles são encaminhados para uma versão em inglês do seu site, mesmo que não possam ler em inglês. Provavelmente eles simplesmente navegam para longe e nunca mais pensam no seu site.
Uma solução apropriada seria tentar detectar o idioma do servidor no navegador e redirecionar para o idioma apropriado. Caso isso não ocorra (se o idioma não estiver definido ou se houver vários idiomas), torne a página raiz algo em que o usuário é solicitado a escolher seu idioma preferido e depois ser redirecionado para a página inicial apropriada.
Você provavelmente não se machucaria simplesmente redirecionando para a versão em inglês, mas seus usuários que não falam inglês provavelmente terão uma experiência melhor se meu método acima for seguido.
http://www.example.com/fr/
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