Você tem a "Show Hidden Files"opção ativada?
Por padrão, o WinSCP vem com a opção "Show Hidden Files"definida como true.
mas às vezes vem com esta opção desativada. Para ativar esta opção para ver arquivos ocultos, pressione: Ctrl+ Alt+H
ou você também pode ativar esta opção acessando:
preferences => Panels => Show hidden files
Na janela de preferências, clique em "Panels"situado no menu esquerdo.
E, no lado direito, marque ou desmarque a "Show Hidden Files"caixa para mostrar ou ocultar os arquivos.

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