Se esse é o problema que eu conheço tão bem, você está executando uma instalação do memcache por trás da instalação do MU? Descobri que aparentemente há um problema de cache (testemunhado na 2.9) para o objeto de opções em que algo bom (como a chave wp_user_roles) fica preso na matriz do memcache "notoptions".
Se você executar no topo do memcache, e isso parecer uma possibilidade, tente fazer o telnet na máquina via 11211. Digite delete blogid:options:notoptions
, onde o blogid é o ID do blog no qual você vê o problema. Atualize o painel do administrador e veja se há funções na lista suspensa. Nesse caso, você encontrou seu problema.
UPDATE : OK, então você não encontrou seu problema - você não estava executando o memcache. Eu ainda verificaria o objeto de funções, procurando um objeto corrompido ou inexistente. Eu acredito que é sua melhor liderança. Você pode usar esse código para despejar a tabela de opções:
global $wpdb;
$array = $wpdb->get_col("SELECT option_name FROM $wpdb->options");
foreach ($array as $key) {
echo $key . ": <code>";
var_dump(get_option($key), true));
echo "</code><br/>";
}