Na sua register_post_typeligação, verifique se você possui estes argumentos:
register_post_type(
'my_post_type',
array(
'hierarchical' => true,
'public' => true,
'rewrite' => array(
'slug' => 'my_post_type',
'with_front' => false,
),
'supports' => array(
'page-attributes' /* This will show the post parent field */,
'title',
'editor',
'something-else',
),
// Other arguments
)
);
Verifique se os links permanentes estão nivelados (basta visitar a página Configurações> Links permanentes).
Agora, quando você cria um novo my_post_type, basta definir seu pai para outro e o link permanente ficará parecido com:
http://example.com/parent-post-type/my-post-type/
Você pode ir quantos níveis precisar.