Em alguns casos, é importante priorizar as chamadas add_action e wp_enqueue_script da seguinte maneira:
add_action('wp_enqueue_scripts', 'wpse26822_script_fix', 20120207);
function wpse26822_script_fix()
{
wp_dequeue_script('storefront-navigation');
wp_enqueue_script('my_storefront-navigation', get_stylesheet_directory_uri().'/js/navigation.min.js', array('jquery'),20151110,true);
}
Nesse caso, wp_enqueue_scripts foi chamado pelo pai com uma prioridade 20120206 (a data) e, portanto, essa ação é adicionada com uma prioridade apenas um pouco maior para que seja retirada da fila imediatamente. Em seguida, a declaração de enfileiramento a seguir é realmente priorizada depois disso, para garantir que ela seja carregada após a retirada da antiga. O verdadeiro, nesse caso, também é importante porque especifica que ele deve ser enfileirado no rodapé, que é onde o script pai foi enfileirado pela primeira vez.
Além disso, não consigo explicar completamente, mas percebo que, se você tomar cuidado com o desenfileiramento do script inicial imediatamente após o enfileiramento, parece que você pode efetivamente impedir que ele seja carregado em primeiro lugar.