Use uma pasta de upload separada para fazer upload de anexo de postagem personalizado

Então, estou tentando descobrir uma maneira de usar duas pastas de upload separadas, sendo a padrão wp-content/uploadspara uploads de mídia em geral e outra wp-content/custompara um tipo específico de anexos (arquivos PDF anexados a um post_type específico).

É importante mantê-los separados, tanto para a organização quanto para a segurança dos dados, pois os arquivos PDF conterão dados um tanto sensíveis que devem ser acessíveis apenas por duas funções de usuário personalizadas, enquanto a mídia geral é, bem, geral.

Estou um pouco envergonhado de mostrar o código que eu comecei a trabalhar, porque é péssimo, mas aqui vai:

    function custom_post_type_metabox_save_function($post_id) {

    global $post;

    // Verify auto-save, nonces, permissions and so on then:

    update_post_meta($post_id, "meta_key1", $_POST["value1"]);
    update_post_meta($post_id, "meta_key2", $_POST["value2"]);

// this is where it gets uply. I change the 'upload_path' to my desired one for this post type
    update_option('upload_path','wp-content/custom-upload-dir');

// then upload the file to it
wp_upload_bits($_FILES["pdfexame"]["name"], null, file_get_contents($_FILES["pdfexame"]["tmp_name"]));

// and then change it back to default... :$
    update_option('upload_path','');

}
add_action('save_post','custom_post_type_metabox_save_function');

Eu realmente prefiro apenas 2 arquivos de upload, sendo um para este pós-formato e outro para o resto. Existe uma maneira mais limpa de fazer isso?

Acabei resolvendo isso ignorando completamente o sistema de upload wp, então é assim que parece agora:

/*
 * Define new upload paths
 */

$uploadfolder =  WP_CONTENT_DIR . '/exames'; // Determine the server path to upload files
$uploadurl = content_url() . '/exames/'; // Determine the absolute url to upload files
define(RM_UPLOADDIR, $uploadfolder);
define(RM_UPLOADURL, $uploadurl);

    function custom_post_type_metabox_save_function($post_id) {

        global $post;

        // Verify auto-save, nonces, permissions and so on then:

        update_post_meta($post_id, "meta_key1", $_POST["value1"]);
        update_post_meta($post_id, "meta_key2", $_POST["value2"]);
        update_post_meta($post_id, "meta_key3", $_POST["value3"]);

    $destination =  RM_UPLOADDIR; // Determine the path to upload files
    $filename = $_FILES["file"]["name"]; // Get the uploaded file name

    // This separates the extension from the rest of the file name
    $filename = strtolower($filename) ; 
    $exts = split("[/\\.]", $filename) ; 
    $n = count($exts)-1; 
    $exts = $exts[$n];

    $newname = time() . rand(); // Create a new name
    $filepath = $destination . '/' . $newname.'.'.$exts; // Get the complete file path
    $filename = $newname.'.'.$exts; // Get the new name with the extension

    // Now, if the upload was successful we save a post meta with the filename, if not, save nothing
    if (move_uploaded_file($_FILES["pdfexame"]["tmp_name"], $filepath)) {
            update_post_meta($post_id, "rm_martins_exame_url", $filename); 
        }

  }
    add_action('save_post','custom_post_type_metabox_save_function');

É bem menos feio do que eu tinha antes, mas ainda assim seria muito melhor se isso pudesse ser feito usando o upload_dirfiltro.