Existem duas maneiras de fazer isso, uma das quais fiz antes, a outra não, mas usei para arquivos de configuração XML.
O primeiro é incluir as variáveis em uma tag de script dentro do cabeçalho ou rodapé do WP, antes da tag de script em que você inclui seu arquivo JS, por exemplo:
<script type="text/javascript">
var test = "<?php echo "hello world"; /* the relevant PHP code to echo the data you require */ ?>";
var slider_type = "<?php echo "nivo"; /* same again */ ?>";
</script>
<script type="text/javascript" src="<?php bloginfo("template_url"); ?>/js/your_js_here"></script>
A outra alternativa seria incluir o JS dentro de um arquivo PHP incluído dentro de uma tag de script.
<script type="text/javascript" src="<?php bloginfo('template_url'); ?>/javascripts.php"></script>
Dentro deste arquivo, você incluiria seu javascript, e como o PHP o analisaria, seria possível incluir chamadas PHP de maneira semelhante à acima, simplesmente fazendo eco dos dados / opções que você precisa. Uma coisa a observar é que você pode precisar definir os cabeçalhos para a saída como text/javascript
.
Pessoalmente, prefiro o primeiro método e é o que uso quando tenho configurações alteráveis pelo usuário que afetam os arquivos javascript.