MU do WordPress
Originalmente, o WordPress MU era um "garfo" do sistema tradicional do WordPress. O objetivo era usar o WordPress para alimentar uma rede de sites distintos em vez de um único. No final, isso provou ser um recurso poderoso e sob demanda, e o fork do MU foi revertido para o núcleo do WordPress para se tornar o que conhecemos hoje como Multi-site com 3.0.
Lyceum
O Lyceum era outro fork que pretendia estender o WordPress de um único site para um sistema de vários sites, especificamente para sistemas corporativos. Foi abandonado ("desligado") na mesma época em que foram divulgados os anúncios referentes à mesclagem do MU do WordPress. O site ainda está ativo e você ainda pode fazer o download de uma versão antiga, mas o fork não é mais mantido.
Outras
Ouvi falar de versões do WordPress que não fazem nada diferente, exceto para substituir a estrutura do banco de dados por algo diferente do MySQL. Encontrei um que usa o Microsoft SQL Server e outro que usa um sistema de arquivos simples semelhante a um wiki. Cada um foi desenvolvido para ajustar uma arquitetura de servidor específica e fazer interface com outra plataforma específica (o sistema SQL Server precisava ser executado no SQL Server. O sistema de arquivos simples precisava se integrar a outro CMS que só podia ler arquivos simples).
Mas, além da MU e do Lyceum, nunca ouvi falar de garfos importantes que tenham durado mais de um mês ou dois. O WordPress tem um ciclo de desenvolvimento incrivelmente ambicioso, e a maioria dos "garfos" surgiu porque alguém queria adicionar um recurso específico, mas ainda permaneceu relativamente sincronizado com o WordPress, enquanto a equipe principal adicionou outros novos recursos. O MU, por exemplo, estava sempre alguns meses atrás do WordPress, mas isso não parecia incomodar ninguém.
Como você mencionou, o WordPress em si é um garfo de outro projeto. Assim, a bifurcação é possível e pode ser bem-sucedida. Isso simplesmente não acontece com muita frequência.