Você pode remover as meta boxes padrão com remove_meta_box e adicioná-las novamente em uma posição diferente com add_meta_box:
add_action('do_meta_boxes', 'wpse33063_move_meta_box');
function wpse33063_move_meta_box(){
remove_meta_box( 'postimagediv', 'post', 'side' );
add_meta_box('postimagediv', __('Featured Image'), 'post_thumbnail_meta_box', 'post', 'normal', 'high');
}
A resposta acima é do seguinte tópico: Como alterar a posição padrão das meta boxes do WP?
ATUALIZAR
Se a principal frustração é puramente a quantidade de meta boxes disponíveis e você não acha que cada usuário precisa de todas as caixas, pode ocultá-las das funções de usuário mais baixas ou de todas as funções usando o código a seguir adicionado ao arquivo functions.php. NOTA - Esse método simplesmente oculta a meta box e não as desativa ou remove.
//Hide Post Page Options from all except Administrator
if (!current_user_can('administrator')){
function hide_post_page_options() {
global $post;
$hide_post_options = "<style type=\"text/css\"> #wptotwitter_div, wpseo_meta, #al2fb_meta, #misc-publishing-actions .misc-pub-section label, #misc-publishing-actions .misc-pub-section #post-status-display, #misc-publishing-actions .misc-pub-section .edit-post-status, #visibility.misc-pub-section, .al2fb_post_submit, #slugdiv, #edit-slug-box, #screen-options-link-wrap { display: none; }</style>";
print($hide_post_options);
}
add_action( 'admin_head', 'hide_post_page_options' );
}
//Hide Post Page Options from ALL users
function hide_all_post_page_options() {
global $post;
$hide_all_post_options = "<style type=\"text/css\"> #taxonomy-category li.hide-if-no-js, #commentstatusdiv, #wypiekacz_sectionid, #postexcerpt, #trackbacksdiv, #postcustom, #yarpp_relatedposts { display: none !important; }</style>";
print($hide_all_post_options);
}
add_action( 'admin_head', 'hide_all_post_page_options' );
Basicamente, você só precisa digitar o div id ou a classe separados por vírgula. Acabei de deixar a minha lá para mostrar que todos os tipos de meta boxes e áreas podem estar ocultos.
#wptotwitter_div - WP to Twitter plugin
#wpseo_meta - Wordpress SEO by Yoastplugin
#al2fb_meta, .al2fb_post_submit - Add Link to Facebookplugin
#misc-publishing-actions .misc-pub-section label, #misc-publishing-actions .misc-pub-section #post-status-display, #misc-publishing-actions .misc-pub-section .edit-post-status, #visibility.misc-pub-section - Default Wordpress Publish Status and Visibility
#slugdiv, #edit-slug-box - The post slug
#screen-options-link-wrap - The "Screen Options" tab at the top of the page
#taxonomy-category li.hide-if-no-js - The "Most Used" categories tab
#commentstatusdiv - The comments on the post
#wypiekacz_sectionid - Wypiekacz plugin
#postexcerpt - Post excerpt
#trackbacksdiv - Trackbacks
#postcustom - Custom post fields
#yarpp_relatedposts - Yet Another Related Posts Plugin
(Coloquei os exemplos em "código" porque o SE usa # para representar um cabeçalho)
Eu pensei que jogaria isso fora para você porque, como você, fiquei extremamente frustrado com todas as meta boxes, mas, no final das contas, acho que foi o grande número de caixas indesejadas. Para um "autor" no meu site, ele agora é muito simplificado: título, conteúdo, salvar como rascunho, publicar agora ou agendar a publicação, tags, categorias e imagem em destaque ... Sem nenhuma confusão.