Perguntas com a marcação «genetics»

Estou ficando um pouco confuso sobre a seleção de recursos e o aprendizado de máquina e fiquei imaginando se você poderia me ajudar. Eu tenho um conjunto de dados de microarray que é classificado em dois grupos e possui milhares de recursos. Meu objetivo é obter um pequeno número de …

76 machine-learning  classification  cross-validation  feature-selection  genetics 

Em outras palavras, com base no seguinte, o que é p? Para tornar isso um problema de matemática em vez de antropologia ou ciências sociais, e para simplificar o problema, suponha que os parceiros sejam selecionados com igual probabilidade em toda a população, exceto que irmãos e primos em primeiro …

26 probability  stochastic-processes  genetics 

Eu tenho valores de p em muitos testes e gostaria de saber se há realmente algo significativo após a correção para vários testes. A complicação: meus testes não são independentes. O método em que estou pensando (uma variante do Método do Produto de Fisher, Zaykin et al., Genet Epidemiol , …

24 correlation  multiple-comparisons  statistical-significance  genetics 

Precisão é definida como: p = true positives / (true positives + false positives) É verdade que, como true positivese false positivesabordagem 0, a precisão se aproxima de 1? Mesma pergunta para recall: r = true positives / (true positives + false negatives) No momento, estou implementando um teste estatístico …

20 precision-recall  data-visualization  logarithm  references  r  networks  data-visualization  standard-deviation  probability  binomial  negative-binomial  r  categorical-data  aggregation  plyr  survival  python  regression  r  t-test  bayesian  logistic  data-transformation  confidence-interval  t-test  interpretation  distributions  data-visualization  pca  genetics  r  finance  maximum  probability  standard-deviation  probability  r  information-theory  references  computational-statistics  computing  references  engineering-statistics  t-test  hypothesis-testing  independence  definition  r  censoring  negative-binomial  poisson-distribution  variance  mixed-model  correlation  intraclass-correlation  aggregation  interpretation  effect-size  hypothesis-testing  goodness-of-fit  normality-assumption  small-sample  distributions  regression  normality-assumption  t-test  anova  confidence-interval  z-statistic  finance  hypothesis-testing  mean  model-selection  information-geometry  bayesian  frequentist  terminology  type-i-and-ii-errors  cross-validation  smoothing  splines  data-transformation  normality-assumption  variance-stabilizing  r  spss  stata  python  correlation  logistic  logit  link-function  regression  predictor  pca  factor-analysis  r  bayesian  maximum-likelihood  mcmc  conditional-probability  statistical-significance  chi-squared  proportion  estimation  error  shrinkage  application  steins-phenomenon 

Em estudos de associação ampla do genoma (GWAS): Quais são os principais componentes? Por que eles são usados? Como eles são calculados? Um estudo de associação em todo o genoma pode ser realizado sem o uso de PCA?

20 pca  genetics  gwas 

Nos estudos de expressão gênica usando microarranjos, os dados de intensidade devem ser normalizados para que as intensidades possam ser comparadas entre indivíduos, entre genes. Conceitualmente e algoritmicamente, como funciona a "normalização quantílica" e como você explicaria isso a um não estatístico?

15 genetics  normalization  microarray 

Espero que alguém nesses fóruns possa me ajudar com esse problema básico nos estudos de expressão gênica. Fiz sequenciamento profundo de um tecido experimental e de controle. Em seguida, obtive valores de enriquecimento dobrado de genes na amostra experimental sob controle. O genoma de referência possui ~ 15.000 genes. 3.000 …

13 r  genetics  bioinformatics  microarray  biostatistics 

Antecedentes Biológicos Com o tempo, algumas espécies de plantas tendem a duplicar todo o seu genoma, ganhando uma cópia adicional de cada gene. Devido à instabilidade dessa configuração, muitos desses genes são excluídos e o genoma se rearranja e se estabiliza, pronto para duplicar novamente. Esses eventos de duplicação estão …

11 generalized-linear-model  contingency-tables  fishers-exact  genetics  bioinformatics 

Se eu supor que uma assinatura de gene identificará indivíduos com menor risco de recorrência, ou seja, diminuir em 0,5 (taxa de risco de 0,5) a taxa de eventos em 20% da população e pretendo usar amostras de um estudo de coorte retrospectivo. O tamanho da amostra precisa ser ajustado …

11 survival  power-analysis  genetics 

Por que alguém usaria a idade e o quadrado da idade como covariáveis ​​em um estudo de associação genética? Eu posso entender o uso da idade se ela foi identificada como uma covariável significativa, mas estou perplexo quanto ao uso do quadrado da idade.

11 multiple-regression  polynomial  predictor  bioinformatics  genetics 

Estou tentando resumir o que entendi até agora na análise multivariada penalizada com conjuntos de dados de alta dimensão, e ainda luto para obter uma definição adequada da penalização de limiar suave versus penalização por Lasso (ou ).L1L1L_1 Mais precisamente, usei a regressão PLS esparsa para analisar a estrutura de …

11 multivariate-analysis  lasso  feature-selection  genetics 

Eu tenho uma matriz , onde é o número de genes é o número de pacientes. Qualquer pessoa que trabalhou com esses dados sabe que é sempre maior que . Utilizando a seleção de características, obtive até um número mais razoável, no entanto, ainda é maior que .p n p …

10 correlation  pca  genetics  covariance  distance-functions 

Pegue 20 pontos aleatórios em um espaço de 10.000 dimensões com cada ID de coordenada de . Divida-os em 10 pares ("casais") e adicione a média de cada par ("um filho") ao conjunto de dados. Em seguida, faça o PCA nos 30 pontos resultantes e plote PC1 vs PC2.N( 0 …

9 pca  python  high-dimensional  genetics  gwas 

Eu tenho dois conjuntos de dados de estudos de associação em todo o genoma. A única informação disponível é a razão de chances e o valor p para o primeiro conjunto de dados. Para o segundo conjunto de dados, eu tenho a Odds Ratio, valor de p e frequências de …

9 meta-analysis  genetics 

Eu tenho dois conjuntos de dados de estudos de associação em todo o genoma. A única informação disponível são as razões ímpares e seus intervalos de confiança (95%) para cada SNP genotipado. Meu desejo é gerar um gráfico de floresta comparando essas duas taxas de chances, mas não consigo encontrar …

9 confidence-interval  meta-analysis  genetics  odds-ratio