Respostas:
Eles não entram em conflito, pois millis()lê estritamente o valor imediato, TCNT0enquanto o PWM via timer 0 usa a capacidade do hardware para comparar o valor TCNT0com os valores OCR0xinseridos sem afetar o valor de nenhum deles.
Apenas para adicionar à resposta de @ Ignacio, que respondeu diretamente à sua pergunta. O "conflito" de que você fala está em relação ao Timer0pré-calibrador.
Na maioria das vezes, você pode usar esses pinos (aliás os pinos 5 e 6 no UNO) com o PWM sem problemas e ler o valor correto de millis()(além de obter o atraso esperado delay)
Onde você encontra problemas é se deseja alterar o pré-calibrador (geralmente para modificar a frequência do sinal PWM). Se você alterar isso, você afetará diretamente o cálculo, os relatórios millis()e o comprimento de delay(x).
millis ()ou delay ()de qualquer maneira
millis()apenas usa contagens de estouro do timer 0.micros()lê o valor imediato emTCNT0.