Uma das melhores maneiras de construir passeios mais longos é através de treinamento intervalado.
O melhor livro que eu encontrei sobre o assunto é: O ciclista triturado pelo tempo: em forma, rápido e poderoso em 6 horas por semana por Chris Carmichae l. O livro inclui muitas informações sobre o limiar de lactato, metabolismo energético, nutrição, planos de treinamento para corridas e séculos, etc. Primeiro experimentei seus métodos depois de ler um de seus artigos no Ciclismo sobre treinamento para séculos.
Basicamente, os métodos de Carmichael são uma forma de treinamento intervalado em que você faz coisas como repetições em subidas, intervalos de potência, intervalos de ritmo acelerado, etc. Há muitas informações por aí sobre o treinamento intervalado. Um dos mais comuns é chamado HIIT (High Intensity Interval Training).
FWIW - Tornei o treinamento intervalado o meu principal método de treinamento para treinamento a distância. Eu fiz três séculos neste verão e nunca fiz uma viagem de treinamento a mais de 100 quilômetros. Antes de quatro anos atrás, meu modo de treinamento para longas distâncias era um aumento gradual da distância e tinha resultados mistos. Com o treinamento intervalado, meu desempenho em viagens de longa distância melhorou significativamente em velocidade e em como me sinto depois.
"Que outros exercícios de força / flexibilidade ajudarão? (Ioga, exercícios nas costas / ombros, etc.)"
A parte superior das costas e o pescoço podem ser um problema real em viagens longas. Para isso, uso um regime que recebi da T-Nation chamado Deconstructing the Computer Guy . Descobri que os exercícios para aliviar as insuficiências relacionadas a ficar sentado em um computador o dia todo também se traduzem muito bem no ciclismo.
Revisitando ...
Estou entre os projetos no momento, então pensei em adicionar um pouco mais a isso.
Você perguntou quais outros exercícios aeróbicos são melhores. Provavelmente o melhor é algo que você tem acessível e realmente fará. Natação, corrida, caminhada, remo, máquinas elípticas, etc, são todos bons exercícios aeróbicos, mas você realmente precisa gostar o suficiente para ter regularidade.
Para força e flexibilidade, há muitas opções. Yoga é um; bem como coisas como artes marciais, tai chi, etc. Para força, o treinamento com pesos é bom; mas não um programa do tipo "construtor de corpo".
Você mencionou especificamente que está tendo problemas com ombros, costas e braços em uma distância cada vez maior. Eu mencionei um artigo da T-Nation acima que tem ótimas técnicas para aliviar esse tipo de problema. (Devo observar que o T-Nation é um site bastante desagradável, mas os conselhos que referi são muito bons.) Para mim, tive problemas de desequilíbrio postural e muscular devido ao ciclismo e muito tempo no computador; e encontrou bastante alívio ao seguir um programa muito semelhante ao descrito em Desconstruindo o cara do computador. (Há quatro anos, eu tinha um século e mal conseguia virar a cabeça nos últimos 48 quilômetros devido a dores no pescoço / na parte superior das costas.) Definitivamente, também funcionou para mim e para meu colega de ciclismo.
Espero que isto ajude.