Realmente depende do tipo de creme de camurça que você está usando. Eu uso o Assos e isso tem uma consistência um pouco mais espessa do que a vaselina, por isso normalmente leva um pouco mais para obter uma boa propagação em tudo.
A regra geral que sigo é em qualquer lugar onde o atrito será um fator. Isso para mim significa a maior parte da mancha e a parte interna da coxa. Eu não gosto de aplicá-lo no estofador, porque odeio esse sentimento quando o visto (pior do que um maiô molhado). Conheço alguns pilotos, como meu pai, que também aplicam um casaco novo depois de ficar na bicicleta por algumas horas.
Depois de aplicar, tento lavar as mãos (quando uma pia é útil); quando não é, uso um dos toalhetes que guardo na bolsa de sela.
Eu concordo com @ Daniel, realmente não há uma maneira errada de fazê-lo. Eu tentaria maneiras diferentes em passeios mais curtos para ver o que é bom e o que não é.