A primeira foto é de depósitos minerais deixados para trás quando você ferve a água. Se a água estiver realmente dura (cheia de minerais), você poderá obtê-las mesmo em uso normal. Amigo limpador do Barkeeper e algum trabalho duro pode removê-lo.
A segunda foto está mostrando que você realmente conseguiu limpar a oxidação escura em parte do fundo, mas não toda. Quando o cobre é realmente limpo (livre de oxidação), é bastante brilhante e rosado ou laranja. Do jeito que o seu vaso era antes, ele tinha uma camada de oxidação bastante uniforme, o que torna o cobre marrom. Você pode limpá-lo completamente - novamente, o amigo do barkeeper é uma boa aposta - ou deixá-lo e em breve ficará marrom novamente.
O último que eu estou adivinhando. Eu acho que provavelmente são depósitos minerais também, se havia água embaixo da panela ou se fervia. Não sei se algo como o Barkeeper's Friend seria apropriado para o seu fogão. Também poderia ser oxidação ou mancha da panela - algo na panela que queimou e deixou um resíduo ou descoloriu a superfície. Também é possível que a panela quente realmente danifique a superfície; nesse caso, a descoloração pode ser permanente.
De qualquer forma, o seu pote não será danificado se o fundo ainda estiver plano (às vezes os vasos superaquecidos entortam). A limpeza fará com que pareça mais agradável, mas nenhuma das coisas que você vê provavelmente terá impacto na forma como ela cozinha.