Alguns fatos parecem estar se misturando aqui.
A comida quente permanecerá "quente" (ou seja, na zona de perigo) por muito mais tempo, se você a deixar no balcão e não na geladeira. Isso é física básica. Se a temperatura ambiente for mais baixa, os alimentos permanecerão quentes por menos tempo, deixando menos tempo para o crescimento de bactérias.
Não são razões para não surgem uma panela fervendo enorme diretamente na geladeira, ou mais importante do congelador, mas principalmente giram em torno dos efeitos colaterais - nomeadamente, que vai aquecer outra comida, acelerando a deterioração de tudo o resto lá, e em alguns casos são muito difíceis para o seu aparelho (que precisa funcionar a todo vapor para lidar com todo o calor).
Supondo que você tenha sua comida dividida em pequenas porções, você deve refrigerá-las o mais rápido possível ou usar um banho de gelo para esfriá-las ainda mais rápido, como Jason menciona.