Como já foi dito, isso dependerá do que causou a deterioração dos alimentos. Eu acrescentaria, no entanto, que existe uma terceira rota que não foi mencionada - esporos. Os esporos são basicamente o equivalente bacteriano de um traje espacial - as bactérias podem formar esporos quando as condições são ruins e, uma vez que os esporos podem sobreviver a condições extremamente hostis, incluindo calor, ácido, água sanitária, etc. Os esporos são especialmente importantes no caso do botulismo.
Se a comida estragou devido ao botulismo, não há muito o que fazer para garantir que seja segura. Você pode matar as bactérias e destruir toxinas diretamente nos alimentos por aquecimento prolongado (pelo menos de acordo com a ficha técnica do USDA abaixo), mas mesmo assim os esporos das bactérias são resistentes ao calor. Se você consumir os esporos, eles podem ativar e se tornar bactérias vivas que, então, produzem a toxina diretamente em seu corpo, e é a toxina que pode causar danos graves ou fatais.
Para obter um bom resumo do botulismo e da toxina botulínica, consulte:
https://www.fsis.usda.gov/wps/portal/fsis/topics/food-safety-education/get-answers/food-safety-fact-sheets/ doença e doença de origem alimentar / clostridium-botulinum / ct_index