A única razão possível para que isso funcione é aumentando a umidade na cavidade do forno e, para fazê-lo em qualquer quantidade significativa, a água deve ser levada ao ponto de ebulição. Mesmo assim, não há razão para acreditar que o aumento da umidade tenha algum efeito na crosta.
Caso contrário, o único efeito da água é fornecer uma massa adicional no forno que absorverá as microondas em concorrência com a pizza, retardando essencialmente o processo de aquecimento. É possível que isso facilite não aquecer a pizza na fase "crosta de borracha", mas o mesmo efeito pode ser alcançado simplesmente diminuindo a potência.
Portanto, não, não há base científica para essa crença além do efeito placebo.
Reaquecer pizza é uma das tarefas mais desafiadoras e existem muitos métodos, nenhum ideal.