Resumo: Não jogue a água de molho.
Primeiro, para abordar a questão da segurança alimentar, a fito-hemaglutinina é gradualmente destruída por temperaturas acima de 175 ° C. O FDA referenciou estudos (ver págs. 254-256) que mostram que 10 minutos de ebulição destruirão completamente qualquer toxina do feijão, embora recomendem 30 minutos em temperaturas de ebulição para ficarem seguros. Sim, alguns estudos recomendam descartar a água de imersão para diminuir a quantidade de toxinas antes de cozinhar, mas não é necessário enquanto você tiver certeza de que seus grãos estão fervendo ou quase fervendo pelo menos durante parte do tempo de cozimento.
Além disso, só para esclarecer sua afirmação sobre temperaturas próximas de 170F, aumentando a toxina - é verdade que o feijão mal cozido que nunca atinge temperaturas mais altas libera mais toxina do que o feijão cru. No entanto, não vejo nada até agora na literatura que sugira um problema se os grãos passarem algum tempo nessa temperatura, desde que passem pelo menos 10 minutos (e preferencialmente 30 minutos) perto da fervura durante a fervura. (Enquanto seus grãos estiverem fervendo ativamente durante uma boa parte do tempo de cozimento, a toxina deve se degradar: o verdadeiro problema vem dos fogões lentos que nunca atingem fervura ou até mesmo ferver decente e podem manter uma temperatura constante que nunca sobe acima de 180F para destruir a toxina.)
Por fim, também devo observar que você perguntou sobre o feijão preto , e a preocupação com a fito-hemaglutinina é maior no feijão vermelho e em alguns outros grãos relacionados, onde a concentração é particularmente alta. Portanto, algumas vezes existem recomendações para descartar a água de imersão para esses tipos específicos de feijões . A concentração é significativamente menor nos feijões pretos e, embora existam outras lectinas em feijões pretos, desde que sejam cozidas completamente, inclusive fervendo por pelo menos 10 minutos, não há motivo para se preocupar.
Em relação às suas outras perguntas sobre nutrientes, agentes causadores de flatulência, etc. e a água encharcada, cito Harold McGee (que também é mencionado em um de seus links úteis) de On Food and Cooking (pp. 486-487):
Um método comumente usado para reduzir a gasosidade dos feijões é fervê-los brevemente em excesso de água, deixar repousar por uma hora, depois descartar a água de imersão e começar a cozinhar com água fresca. Isso libera a maioria dos oligossacarídeos solúveis em água - mas também libera quantidades significativas de vitaminas, minerais, açúcares simples e pigmentos de revestimento de sementes solúveis em água: ou seja, nutrientes, sabor, cor e antioxidantes. É um preço alto a pagar. Uma alternativa é o cozimento prolongado simples, que ajuda a eventualmente quebrar muitos dos oligossacarídeos e cimentos da parede celular em açúcares simples digeríveis.
De acordo com as recomendações de McGee, geralmente não me incomodo mais em molhar, já que quanto mais cozinho o feijão, mais eu quebro os elementos causadores de gás. (Além disso, exceto em casos incomuns, acho que a imersão - mesmo a longo prazo - raramente me poupa mais de 30 a 45 minutos de cozimento, e para o feijão eu vou ferver por algumas horas de qualquer maneira, isso não ajuda parece ajudar muito.) Independentemente disso, nunca descarto a água de molho, pois prefiro preservar o sabor e os nutrientes.
Algumas pessoas ainda acham que a imersão por um curto período de tempo melhorará a textura final ou evitará que os grãos se rompam ou se quebrem ou algo assim. Se você achar que isso faz a diferença para você, deixe de molho. Mas, além de um lote estranho aqui ou ali, descobri que os melhores grãos texturizados que fiz geralmente não foram absorvidos.
Outro ponto secundário é que, embora eu às vezes use o forno para cozinhar feijão, não há razão para não cozinhá-lo no fogão, desde que você use uma panela pesada. Se você estiver realmente preocupado com toxinas, ferva-as mais cedo (enquanto ainda há muito líquido), mas depois de 10 a 30 minutos, você pode reduzi-las para ferver. A menos que você cozinhe o feijão a ponto de estourar e fazer com que o líquido engrosse significativamente, você não precisará mexê-lo com frequência (ou mesmo) para evitar que grude.
Você pode adicionar tomates ou outros ingredientes levemente ácidos quando o feijão estiver quase pronto, digamos nos últimos 30 minutos. Você está certo que não deve adicioná-los no início, mas adicioná-los um pouco antes do final pode permitir que os sabores permeiem mais os grãos (se você quiser). Além disso, adicionar pequenas quantidades de ácido no final fortalecerá um pouco os grãos e preservará sua estrutura, mesmo que você os exagere um pouco.
Caso contrário, concordo com basicamente todas as suas idéias, que parecem bem pesquisadas. Você encontrará conselhos semelhantes dados em muitas outras perguntas aqui.