A menos que você esteja planejando consumir alguns quilos de cada um deles em uma sessão, eu diria que você está sendo muito cauteloso. Tomate, pimentão, pimenta e batata fazem parte da família dos nightshades e são tóxicos até certo ponto. Mas o veneno está na dose. A quantidade contida nos vegetais significa que você terá que consumir uma quantidade excessiva para que entrem em vigor.
Cortei os brotos de uma batata, tenho que descascá-los de qualquer maneira. Costumo cortar a "coroa" do tomate, principalmente porque é dura e não a quero no prato. Na maioria das vezes, eu nem me importo com as partes brancas de um colorau, se eu cozinho, apenas em saladas para fins cosméticos eu as tiro. As cebolas são descascadas e usadas. Até agora, sem nenhum efeito negativo.
[EDITAR]
Como mencionado por Popup, tenha cuidado com as batatas verdes: brotos ou olhos pequenos em uma batata não são um problema; Corte-os como você os encontra. Mas corte áreas verdes de uma batata . Como o artigo no link informa, não é que as partes verdes sejam solanina (o tóxico), mas uma indicação das áreas onde ocorre a acumulação de solanina:
"O que é o verde? Na verdade, é clorofila. Nada mau para você. Mas a clorofila indica que a batata foi exposta à luz solar. E onde a batata foi exposta à luz é onde há uma toxina natural na batata (solanina) torna-se concentrado em níveis perigosos "
Não há necessidade de descartar toda a batata, basta se livrar das partes ofensivas e, quando ela produz sesnse, ou seja: se você precisar de um microscópio para localizá-la ou se for do tamanho da cabeça de um alfinete, por assim dizer, não preocupado com isso.