Gougeres não são recheados, pelo menos na Borgonha. A massa contém o queijo (Gruyere) e nada é adicionado a ela após o fato. Gougeres bem cozidos mantêm o queijo no centro ainda úmido e pegajoso, dando a impressão de um recheio após o fato quando, na realidade, o queijo estiver na massa o tempo todo. Se o interior do seu gougere estiver seco, ele estará no forno por muito tempo. Observe que o uso de qualquer coisa além de gruyère ou, eventualmente, comté, provavelmente não terá o resultado delicioso e pegajoso.
Acho que a única maneira de adicionar um recheio seria fazê-lo da mesma maneira que os profiteroles: simplesmente corte o gougere horizontalmente com uma faca afiada, adicione o que quiser dentro e coloque a tampa no lugar.