Eu não jogaria nenhuma parte fora. Há sabor em todas as partes do tomate, principalmente no interior (veja meus comentários em uma resposta alternativa abaixo). Além disso, se você está fazendo purê primeiro, não acha que os sabores estão sendo misturados, resultando na perda de pelo menos algum sabor se você remover alguma parte da mistura? A fervura de fato permite que a água evapore, mas, ao fazê-lo, concentra o sabor. Quanto sabor é ganho ou perdido? Estou certo de que isso dependerá da variedade, sazonalidade e maturação de seus tomates.