O programa de nauty de Brendan McKay (No AUTomorphisms, Yes?) Resolve o problema de rotulagem canônica de gráficos (resolvendo simultaneamente os problemas de Isomorfismo em Gráfico e Automorfismo em Gráfico) e tem desempenho exponencial no pior dos casos (Miyazaki, 1996). No entanto, ele funciona muito rapidamente para a maioria dos gráficos, especialmente aqueles com poucos automorfismos.
Especificamente, o algoritmo começa particionando os vértices por grau, depois pelo grau entre cada parte. Quando esse processo se estabiliza, é preciso fazer uma escolha para distinguir um vértice em uma parte não trivial, e isso leva ao comportamento exponencial. Na maioria dos gráficos, a profundidade desse procedimento de ramificação é pequena.