Existe uma estrutura / formalismo que define modelos computacionais baseados em proteínas que não sejam o modelo de DNA de Adleman ou este trabalho de Cherry e Qian ?
Respostas:
Membrane Computing é um modelo que se baseia na possibilidade ou não de movimento de moléculas através de membranas; também em possíveis reações dessas moléculas dentro de um compartimento de membrana. Embora não se trate especificamente de proteínas, na realidade algumas dessas moléculas e os canais pelos quais elas passam seriam proteínas.
Aqui está uma visão geral escrita pelo criador deste modelo.
Outro modelo possivelmente envolvendo proteínas é o Computing by Observing, que modela a maneira como uma pessoa que conduz um experimento extrai informações do que vê. O processo observado pode muito bem modelar interações proteicas.