Como você conta os jogos como um exemplo de "intuição física", enquanto eu não consigo ver nada relacionado à física nos jogos, presumo que sua ênfase não esteja em "físico", mas em "intuição".
Argumento que parte do objetivo do estudo (educação ou pesquisa) em ciência da computação teórica é desenvolver a intuição para as noções abstratas relacionadas à computação. A intuição é adquirida estudando e familiarizando-se com o conceito. Não espero que exista um bom atalho.
Por exemplo, estudantes de graduação ficarão surpresos com a indecidibilidade de interromper o problema (provavelmente porque a mera existência de uma linguagem indecidível já é surpreendente). Mas aprender o fato, sua prova, alguns resultados relacionados e a ampla aplicabilidade da técnica de prova tornam esse resultado surpreendente menos surpreendente e de fato muito natural. Eu acredito que o mesmo é verdade para resultados mais complicados.
Quanto ao resultado específico, não concordo que não haja intuição simples para o MA⊆AM. (Aviso: atualmente estou estudando isso e os resultados relacionados, e posso dizer algo incorreto.) Em um sistema de MA, Merlin precisa dar uma resposta única que se encaixe na maioria das seqüências aleatórias usadas por Arthur. Mudamos o sistema para que Arthur envie várias seqüências aleatórias (polinomialmente muitas) a Merlin, e Merlin precisa dar uma resposta única que se encaixa em todas elas, o que me parece uma coisa natural de tentar. A comprovação da robustez deste sistema AM é uma aplicação simples do limite de Chernoff. Eu não acho que qualquer coisa nesse resultado seja conceitualmente difícil de entender.
Marginalmente relacionado: sua pergunta me lembrou uma linda postagem no blog “ Abstração, intuição e a 'falácia do tutorial de mônada' ” de Brent Yorgey, onde ele explicou a dificuldade de comunicar a intuição por uma não-explicação fictícia “Mônadas são burritos”. Se a explicação acima de como a prova do MA⊆AM funciona não faz sentido, eu posso estar demonstrando a mesma falácia. :(