Ótima pergunta. Acabei de passar recentemente no exame de doutorado que, em parte, era um vestibular - mistura de tópicos de graduação e pós-graduação.
Para ser prático - depende da escola que você planeja frequentar, tipo de exame de admissão que eles possam exigir e tipo de programa que eles oferecem.
Alguns requerem GRE, portanto, a preparação para a inscrição não é específica do CS. Alguns exigem a disciplina GRE, que é equivalente a 5-6 cursos básicos de graduação em teoria e será abordada (teoria dos autômatos, matemática discreta etc.)
Para obter o background mais fundamental, eu usaria a Matemática Discreta, Algoritmos e Teoria da Computação do Ad Uni .
Existem outras fontes fantásticas do MIT e Stanford, mas esses três cursos, apresentados por Shai Simonson, são excelentes bases.
Espero que isto ajude.