A E / S paralela do HDF5 não resolverá esse problema. Essa tecnologia se destina principalmente ao desempenho, não à prevenção de colisões.
O que você deseja é conhecido como SWMR (leitor único / leitor múltiplo) :
Os sistemas de aquisição de dados e de modelagem de computadores geralmente precisam analisar e visualizar dados enquanto estão sendo gravados. Não é incomum, por exemplo, uma aplicação produzir resultados no meio de uma execução que sugira que alguns parâmetros básicos sejam alterados, sensores sejam ajustados ou que a execução seja descartada completamente.
Para permitir que os usuários verifiquem esses sistemas, desenvolvemos um padrão simultâneo de acesso a arquivos de leitura / gravação que denominamos SWMR (nadador pronunciado). SWMR é a abreviação de single-writer / multiple-reader. A funcionalidade SWMR permite que um processo de gravação adicione dados a um arquivo, enquanto vários processos de leitura leem do arquivo.
O SWMR foi incluído pela primeira vez na versão 1.10.0 do HDF5 lançada em 30-03-2016
Acesso simultâneo a arquivos HDF5 - gravador único / leitor múltiplo (SWMR)
O recurso Single Writer / Multiple Reader ou SWMR permite que os usuários leiam dados simultaneamente enquanto os escrevem. As comunicações entre os processos e o bloqueio de arquivos não são necessárias. Os processos podem ser executados na mesma plataforma ou em plataformas diferentes, desde que compartilhem um sistema de arquivos comum compatível com POSIX.