Visualizando um Gráfico com um Milhão de Vértices

Qual é a melhor ferramenta a ser usada para visualizar (desenhar os vértices e arestas) um gráfico com 1000000 vértices? Existem cerca de 50000 arestas no gráfico. E posso calcular a localização de vértices e arestas individuais.

Estou pensando em escrever um programa para gerar um svg. Alguma outra sugestão?

Eu também sugiro Gephisoftware ( https://gephi.github.io ), que parece ser bastante poderoso. Algumas informações adicionais sobre o uso Gephicom redes grandes podem ser encontradas aqui e, de maneira mais geral, aqui . Cytoscape( http://www.cytoscape.org ) é uma alternativa a Gephi, sendo outra plataforma popular para análise e visualização complexas de redes.

Se você deseja trabalhar com redes de forma programática (incluindo visualização) em R, Python ou C / C ++, pode verificar a igraphcoleção de bibliotecas. Falando em R, você pode achar interessantes as seguintes postagens: no uso de R com Cytoscape ( http://www.vesnam.com/Rblog/viznets1 ) e no uso de R com Gephi ( http://www.vesnam.com/ Rblog / viznets2 ).

Para obter listas extensas de software de análise e visualização de rede , incluindo algumas comparações e revisões, consulte as seguintes páginas: 1) http://wiki.cytoscape.org/Network_analysis_links ; 2) http://www.kdnuggets.com/software/social-network-analysis.html ; 3) http://www.activatenetworks.net/social-network-analysis-sna-software-review .

https://gephi.github.io/ diz que pode lidar com um milhão de arestas. Se o seu gráfico tiver 1000000 vértices e apenas 50000 arestas, a maioria dos vértices não terá arestas.

De fato, a especificação Gephi é o duplo do seu exemplo: "Redes de até 50.000 nós e 1.000.000 de bordas"

Eu acho que isso Gephipode enfrentar problemas de falta de memória, você precisará de pelo menos 8 GB de RAM. Embora o número de arestas não seja extremamente grande.

Possivelmente, ferramenta mais apropriada nesse caso seria GraphViz. É uma ferramenta de linha de comando para visualizações de rede e, presumivelmente, seria mais tolerante ao tamanho do gráfico. Além disso, como me lembro, GraphVizé possível usar coordenadas pré-computadas para facilitar os cálculos.

Tentei encontrar exemplos reais do uso de GraphVizgráficos enormes, mas não obtive sucesso. Embora eu tenha encontrado uma discussão semelhante sobre Ciência da Computação .

Relatando: acabei codificando graphml e usando o yEd para visualização (só porque estou familiarizado com essa combinação. Aposto que gephi ou graphviz funcionaria bem e talvez até melhor). Desde que eu calculei a localização de todos os nós, a memória não era um problema tão grande. A codificação do graphml é um pouco mais fácil comparada à codificação do svg, pois não preciso especificar explicitamente o posicionamento das arestas.

O PajekXXL foi projetado para lidar com redes enormes. Mas Pajek também é uma espécie de programa bizarro com uma interface não intuitiva.

Eu recomendaria usar o Graphexp. O Gephi é altamente dependente da RAM do seu computador, o que é obviamente limitado. O Graphexp, por outro lado, exibe apenas um número limitado de nós, através dos quais você pode navegar para outros nós. Visualizei um gráfico com 700 milhões de vértices usando o Graphexp como interface do usuário e o Janusgraph com o HBase como armazenamento de back-end. https://github.com/bricaud/graphexp

Dê uma olhada no Graphistry , eles podem lidar com nós e arestas 1Mil.