Você está realmente olhando para um lado único, meia dúzia da outra situação aqui.
A principal vantagem de fazer isso em uma escala de 1 para 1 antes da mão é o tamanho do arquivo. Além disso, você não precisa garantir manualmente que todos os seus "pixels" estão na configuração 2x2 correta e, desde que ampliados por números inteiros, ele funcionará limpo (a rotação ainda está uma bagunça, mas você provavelmente já sabe que )
Se você fizer todos os pixels com 2x2 antes, estará na mesma situação que antes, mas agora precisará subir 0,5 para manter uma proporção estável. Você ganha a capacidade de ficar na metade do tamanho, mas na verdade a metade do tamanho disso é exatamente igual ao tamanho do tamanho completo no 1x1.
Pessoalmente, eu recomendaria apenas ter um pixel a um pixel no que diz respeito aos seus ativos e depois escalá-los para o tamanho adequado. Isso facilitará a criação de imagens e aumentará o tamanho de seus ativos em aproximadamente 1/4 do tamanho para um carregamento mais rápido.