É apenas tradição. Nenhum sistema é objetivamente melhor que o outro, então você só precisa se acostumar a usar os dois e alternar entre eles de vez em quando!
As coordenadas para destros são tradicionais para modelagem, onde se imagina o plano XY como horizontal e o eixo Z como vertical.
As coordenadas para canhotos são tradicionais para câmeras em que se imagina o plano XY como vertical (correspondendo às coordenadas da tela se a câmera estiver na vertical) e o eixo Z está na tela (correspondendo ao Z no buffer Z) .
Portanto, aplicativos de modelagem como o Blender geralmente usam coordenadas para a mão direita e kits de ferramentas de desenvolvimento de jogos como o Unity geralmente usam coordenadas para a esquerda. Mas alguns sistemas seguem o caminho oposto: o RenderMan é canhoto e o OpenGL é destro (ou pelo menos as versões anteriores eram, agora é bastante agnóstico).
Outra razão pela qual a mão pode diferir é por causa de convenções diferentes sobre a direção do eixo Y em duas dimensões. Naqueles dias longínquos, quando o computador exibe tubos de raios catódicos usados, o monitor era digitalizado de cima para baixo e da esquerda para a direita pelo feixe de elétrons. Portanto, era conveniente ter o eixo Y correndo pela tela, com a origem das coordenadas no canto superior esquerdo. Por outro lado, é convencional em matemática que o eixo Y aponte para cima, com a origem das coordenadas no canto inferior esquerdo. Quando você adiciona um eixo Z, essas convenções dão origem a sistemas de coordenadas tridimensionais de mãos diferentes.