Você precisa reconstruir o Windows. Existe uma ferramenta para automatizar o processo de conversão dos projetos do visual studio. Desde que você começou no 360 e na estrutura compacta, você deve estar bem. Indo de outra maneira, você pode encontrar problemas nos quais usa os recursos da estrutura .Net que não são suportados pela estrutura compacta.
Os documentos contêm uma seção sobre diferenças entre os dois (por exemplo, você não pode definir a afinidade do processador no Windows). Se você está realmente lançando seu jogo no PC, pode ter problemas de compatibilidade. Por exemplo, seu formato de buffer de renderização pode não ser suportado ou seus shaders podem não ser compilados. Essa é a maldição do desenvolvimento de PCs, embora não seja específica do XNA.