Além da abordagem de vetor / polígono, outra maneira de fazer isso é usar um bitmap.
Se cada "cor" no bitmap representa um território (França, Bélgica etc.), basta descobrir qual pixel no bitmap foi clicado, procurando a cor e determinando se essa cor representa o território de interesse. Você pode até representar territórios sobrepostos com cores específicas ou tratar suas cores como uma máscara de bit de territórios.
Em termos de ferramentas, peça aos seus artistas / produtores de conteúdo que criem o bitmap em qualquer ferramenta de edição de pixels. Por exemplo, se você usa o Photoshop ou o Gimp, pode representar diferentes territórios (França, Bélgica etc.) como camadas nomeadas ou como 1 camada, mas distingue os territórios com base nas cores. Você escreveria uma ferramenta para converter a imagem / camadas em um formato adequado para fins internos do jogo.
O formato interno do jogo provavelmente seria compactado por linha de execução (veja: http://en.wikipedia.org/wiki/Run-length_encoding ). Dessa forma, você deve conseguir taxas de compactação muito boas, pois os pixels adjacentes nas linhas muitas vezes pertencem ao mesmo território. O algoritmo então se torna, para a coordenada y atual do mouse, percorrer essa linha e descobrir a que execução pertence e, portanto, a qual território correspondente.