Existem vários fatores que contribuem para como a geometria é salva e processada em diferentes mídias (programas, formatos de arquivo, APIs). Eu implementei vários programas de análise de geometria comercial, por isso tenho alguma experiência com isso.
Primeiro, tenho certeza de que isso não tem nada a ver com o Unity, que simplifica qualquer coisa. Mas, caso isso ocorra, existem vários algoritmos de dizimação que podem ser implementados, mas tenho certeza de que não é esse o caso, pois um mecanismo de jogo não deve alterar a forma (propriedades geométricas de uma malha), mas geralmente pode modificar sua conectividade para combinar com sua estrutura ideal.
Alguns desses fatores são:
O que torna um vértice único?
Isso pode variar bastante, dependendo de como o programa, API ou formato de arquivo lida com um vértice. Um vértice pode ser único se tiver uma posição única, mas em outros casos é único se tiver algum atributo exclusivo. Por exemplo, se dois vértices compartilham a mesma posição, mas têm normais diferentes, eles devem ser "duplicados" no caso do OpenGL, isso é especialmente evidente no caso do cubo que você mencionou.
Bordas duras ou lisas.
As normais podem determinar se uma aresta é considerada rígida ou suave, se um vértice contribui para a aresta rígida, ele precisa ser duplicado para que as APIs de renderização atuais possam entender como renderizar (sombrear) essa face corretamente.
Índices
Muitos formatos de arquivo permitem que um vértice de face tenha vários índices para a posição do vértice / texCoords / normals, esse não é o caso das APIs de renderização atuais. Um bom exemplo disso é o arquivo Obj, isso forçará o Unity a reconstruir os índices e, muitas vezes, duplicar muitos atributos para corresponder aos índices de vértices.
Conectividade
Muitos dos vértices que estão realmente conectados e são únicos são salvos várias vezes, isso tem a ver com o modo como o gravador de arquivo original processou e salvou a malha. O Unity reduzirá o número de vértices duplicados (lembre-se de que ele possui um atributo diferente e não é exclusivo), para torná-lo mais eficiente para armazenamento e processamento sem sacrificar a qualidade.
Isso também tem a ver com quantos lados de polígono o arquivo original permite; o Obj, por exemplo, permite polígonos do lado N, algo que qualquer mecanismo de jogo sensato não deseja, por isso acaba triangulando a malha e recalculando muitos de seus atributos que geralmente altere o número de vértices.