Se você estava usando o ArcGIS, usa a barra de ferramentas de ajuste espacial. No entanto, o QGIS oferece uma funcionalidade semelhante por meio de plugins.
Vá para o gerenciador de plugins e instale 'Affine Transformations'
Instale também o 'Vector Bender'
Página inicial: https://github.com/trenneman/qgsAffine ;
https://plugins.qgis.org/plugins/VectorBender/
Como você já possui os pontos de controle, poderá transformar seus dados novamente na "projeção" original. Carregue seus pontos de controle no plug-in e execute a transformação. Eu não tentei isso ainda, então você pode ter que brincar com os pontos de controle. O plugin de transformações afins usa constantes para executar a transformação. Como você já tem pontos de controle, convém usar o dobrador de vetor para executar uma 'folha de borracha'.
O vetor bender não está no repositório de plug-ins, portanto, você precisará instalá-lo manualmente, adicionando-o a C: \ Users.qgis2 \ python \ plugins \ VectorBender.
Segunda opção (pode funcionar apenas para rasters, não foi testada com vetores) - No georreferenciador, você pode salvar seus pontos de controle em um arquivo. Você também pode carregar pontos de controle de um arquivo.
Aqui está o que você precisa fazer:
Salve o arquivo cpg. Mude a extensão para .csv. Abra o arquivo no excel. Troque os valores nas colunas de / para. Salve . Mude a extensão novamente para .points.
Depois de configurar os pontos de controle, você pode se transformar usando os pontos de controle e seu método de transformação preferido.