De acordo com o último comentário do OP , o chocalho ocorreu devido a um virabrequim quebrado.
Vou acrescentar uma coisa embora. Quando eu era criança, meu pai tinha um Mitsubishi Pajero de 91 que de repente teve seu eixo de manivela dobrado em dois. Ele foi capaz de conduzi-lo à concessionária com um ruído de chocalho presente, independentemente da posição da embreagem ou da rotação.
Com relação ao caso do OP, estou francamente surpreso que o barulho de chocalho estivesse presente apenas com a embreagem pressionada. Não dizendo que isso não é possível, é incomum que o OP tenha sido capaz de dirigir "normalmente" de outra maneira.