Sua intuição é essencialmente correta, mas há alguns pontos importantes.
Quando a lente é parada, apenas a direção da luz no centro do elemento frontal aparece na imagem, de modo que todo o elemento frontal não é usado para todos os pontos de luz que atingem o sensor (embora tudo seja usado para algum ponto de luz).
Mesmo quando a abertura estiver totalmente aberta e a luz estiver passando por todo o elemento frontal de cada pixel, o filtro estará a uma distância pequena, mas significativa, na frente da lente.
Hora de alguns diagramas desenhados à mão. No primeiro caso, é fácil ver que, se o filtro for colocado em qualquer lugar, exceto no nível morto da íris, ele bloqueará a luz vinda da parte superior da cena, mas não da parte inferior:
http://www.mattgrum.com/photo_se/pinhole.jpg
Agora considere o segundo caso. A lente está totalmente aberta e, exceto os efeitos da vinheta, cada ponto de luz de um objeto em foco se espalha, atingindo todo o elemento frontal antes de ser focalizado em um ponto. Isso sugere que a luz da parte superior e inferior do objeto passa pela mesma quantidade de filtro ND, o que significa que não há efeito graduado. No entanto, o filtro não será montado nivelado com o elemento frontal:
http://www.mattgrum.com/photo_se/wideopen.jpg
Quando estiver ligeiramente à frente, haverá um ângulo em que a luz apenas sai sob o filtro ao sair da parte inferior da cena, enquanto a luz do topo é parcialmente filtrada, levando a uma diferença no brilho entre a parte superior e a inferior.
No entanto, se a lente for muito rápida e o filtro estiver montado bem próximo à lente, o ND graduado realmente não funcionará, conforme sugerido pela sua pergunta. Para provar isso, colei um cartão preto sobre uma lente de 50mm f / 1.4 para que fique logo acima do centro, cobrindo quase metade do elemento frontal:
http://mattgrum.com/photo_se/f1_4.jpg
Está bem aberto, apontando para o céu (distância de foco 3m). Há uma leve vinheta visível no topo, mas nem de longe o efeito que você esperaria do que é essencialmente um filtro graduado que vai abruptamente de 0 a 100% de filtragem! Aqui está a mesma foto em f / 11:
http://mattgrum.com/photo_se/f11.jpg