A robótica já é difícil o suficiente quando todas as suas dependências estão funcionando. A última coisa que você precisa são problemas adicionais provenientes de componentes incompatíveis ou combinações não suportadas.
Eu olhei para isso um pouco e aqui estava a minha progressão:
O Raspberry Pi não suporta o Ubuntu porque sua CPU ARM usa um conjunto de instruções mais antigo (ARM v6 eu acredito?) E a equipe do Ubuntu retirou o suporte para isso em 2009.
O Beaglebone é semelhante a um Raspberry Pi de várias maneiras e possui um conjunto de instruções mais recente para rodar o Ubuntu. No entanto, a 'melhor' distribuição do Ubuntu ARM está saindo do projeto Linaro e eles abandonaram o suporte para o Beaglebone algumas revisões atrás (a última foi Linaro 12.03) porque está usando um processador TI OMAP 3 mais antigo (bem-vindo ao maravilhoso mundo dos smartphones rápidos progresso).
Meu próximo passo foi examinar o TI Pandaboard, que usa o mais recente processador OMAP 4 atualmente suportado, mas custa mais perto da faixa de US $ 200.
Mas agora o Ubuntu foi lançado oficialmente para o Nexus 7. Com 200 dólares, o Nexus 7 oferece tudo o que um Raspberry Pi oferece e muito mais. Lembre-se de que, mesmo com um Raspberry Pi, depois de adicionar o carregador, o adaptador wifi, o cartão de armazenamento e os cabos, você está se aproximando mais de 100 dólares do que 35 dólares, portanto, o Nexus 7 é um negócio muito melhor.
Por fim, não tente emitir um sinal de 1 kHz a partir de um sistema operacional não em tempo real. Anexe um microcontrolador barato como o PJRC Teensy (clone do Arduino) e deixe que ele lide com as tarefas simples em tempo real para você. Dessa forma, você dedica a CPU barata a essas tarefas simples e sensíveis ao tempo. A 16 MHz, com suporte a vários temporizadores, um pequeno AVR MCU pode lidar com meia dúzia de tarefas como essa sem problemas.