O capacitor visto em muitos motores escovados existe para absorver o ruído de RF devido aos arcos à medida que as escovas comutam. Você costuma vê-los nos motores usados nos carros de RC, onde os motores são bastante potentes e estão girando rapidamente.
O problema ocorre quando você está usando o PWM para acionar o motor. No início do ciclo de trabalho, quando a corrente é ligada, você verá um pico de corrente à medida que a corrente entra no capacitor a partir da H-Bridge. Às vezes, essa corrente de irrupção pode causar ondulações de tensão perceptíveis na fonte de alimentação, adicionando ruído a qualquer sensor analógico sensível.
Para evitar a corrente de irrupção, você pode adicionar um par de indutores entre a ponte H e o capacitor. Isso manterá a corrente bastante estável. Na verdade, você sempre verá indutores nos circuitos de acionamento do motor. Mesmo que o próprio motor seja um indutor, geralmente é uma indutância bastante baixa; portanto, é adicionada uma indutância extra para ajudar a suavizar as flutuações de corrente ao usar o inversor PWM.
Os capacitores não têm nada a ver com a proteção do motor em caso de estol. Quando o motor para, a corrente aumenta e você corre o risco de superaquecer o motor.