Perguntas com a marcação «reproducibility»

Em um dos meus trabalhos, listo alguns resultados numéricos, além de algumas figuras. O que eu gostaria de fazer é garantir que os resultados numéricos no meu artigo sempre estejam de acordo com o código. No momento, apenas copio diretamente os resultados numéricos da minha saída de simulação para o …

34 software  documentation  reproducibility 

A reprodutibilidade se tornou cada vez mais importante na pesquisa em ciências computacionais. (Por exemplo, consulte este artigo de Roger Peng na Science ; também conheço outros artigos e sites da Web.) No entanto, não está claro para mim quanta informação devo incluir em um artigo de revista (ou online) …

23 software  publications  documentation  reproducibility 

A pesquisa reproduzível em computação visa disponibilizar a outros pesquisadores o código necessário para gerar os resultados em um artigo computacional, para que eles possam executar esse código para reproduzir os resultados nesse artigo. Gostaria de tornar toda a minha pesquisa reproduzível, mas estou enfrentando alguns problemas: alguns trabalhos em …

19 software  publications  documentation  reproducibility 

Uma redução paralela assume que a operação correspondente é associativa. Essa suposição é violada pela adição de números de ponto flutuante. Você pode perguntar por que eu me importo com isso. Bem, isso torna os resultados menos reproduzíveis. E fica pior quando o recozimento simulado é usado para otimizar (ou …

17 parallel-computing  reproducibility 

Eu escrevi um programa / biblioteca que usei para obter resultados em um artigo. (Aqui está , mas minha pergunta é geral.) Eu tenho testes que eu executo regularmente usando ctest(leva alguns minutos para executar). Para reproduzir algumas tabelas ou figuras no artigo, eu tenho que construir um script ou …

15 reproducibility 

Estou escrevendo um artigo reproduzível, e o artigo tem resultados computacionais gerados por um script Python (um script MATLAB semelhante gera resultados quase idênticos). Eu acho que o artigo seria mais fácil de entender para os leitores se eles pudessem combinar os cálculos no papel com os cálculos no código. …

14 python  software  reproducibility 

Física, biologia, química etc. têm diferentes conjuntos de regras para a realização de experimentos: quais eventos são considerados relevantes, como evitar a contaminação das amostras, como criar e corrigir um processo de reprodução e assim por diante. Quais são os padrões, protocolos e práticas recomendadas para garantir precisão e reprodutibilidade …

13 benchmarking  reproducibility  experiment 

Normalmente, escrevo código serial e, quando o faço, escrevo testes de unidade com alguma estrutura de teste no estilo xUnit (MATLAB xUnit, PyUnit / nose ou estrutura de teste C ++ do Google). Com base em uma pesquisa superficial do Google, não tenho visto muito sobre como os profissionais praticam …

13 parallel-computing  petsc  mpi  testing  reproducibility 

Existe uma lista publicada de melhores práticas para garantir a longevidade do código, visando resultados científicos reproduzíveis? (por exemplo, código aberto, práticas de documentação, seleção de dependências, seleção de idioma, máquinas virtuais etc.). Conhece estudos (ou faltam exemplos / anedotas) que tentaram estimar a meia-vida de códigos científicos típicos ou …

11 software  publications  reproducibility