Essencialmente, o sistema operacional é um pouco mais eficiente, pois não requer a adição de transientes sobrepostos. No entanto, convém usar o OA se precisar reutilizar as FFTs com preenchimento zero em vez de amostras repetidas.
Aqui está uma rápida visão geral de um artigo que escrevi há algum tempo
Convolução rápida refere-se ao uso em bloco de convolução circular para realizar convolução linear. A convolução rápida pode ser realizada pelos métodos OA ou OS. O SO também é conhecido como "sobreposição de sucata". Na filtragem de OA, cada bloco de dados de sinal contém apenas o número de amostras que permite que a convolução circular seja equivalente à convolução linear. O bloco de dados do sinal é preenchido com zero antes da FFT para impedir que a resposta de impulso do filtro se "enrole" no final da sequência. A filtragem OA adiciona o transiente de entrada de um bloco com o transiente de entrada de fora do bloco anterior. Na filtragem do SO, mostrada na Figura 1, nenhum preenchimento zero é realizado nos dados de entrada, portanto, a convolução circular não é equivalente à convolução linear. As porções que "envolvem" são inúteis e descartadas. Para compensar isso, a última parte do bloco de entrada anterior é usada como o início do próximo bloco. O SO não requer adição de transientes, tornando-o mais rápido que o OA.