Se você se inscrever em uma política de "Código Limpo", provavelmente precisará se perguntar se é uma boa prática adicionar comentários. Se o código puder ser esclarecido apenas com um comentário, adicione um, com certeza, caso contrário, você poderá entender facilmente o que o seu código faz simplesmente lendo-o (desde que você esteja usando nomes sensíveis para suas variáveis, métodos etc.).
Independentemente de sua visão pessoal sobre se comentar é uma boa prática ou não, um comentário deve conter informações de valor direto para o código ao qual o comentário está se referindo. Nesse caso, a questão é se adicionar um número de problema agrega valor ao código. O problema que vejo ao adicionar o número do problema é que você pode ter uma seção de código que pode ser modificada fortemente para satisfazer vários problemas e, depois de um tempo, pode ser impossível identificar corretamente quais alterações estão relacionadas a um problema específico. Problemas subsequentes, por exemplo, podem exigir que o código relacionado a problemas anteriores seja fortemente refatorado. Este é talvez um exemplo extremo, no entanto, mostra como os números dos problemas nos comentários no código podem ser bastante inúteis.
Se você pudesse garantir que a situação que acabei de descrever nunca aconteceria, ainda argumentaria que o número do problema em si ainda é bastante inútil sem uma descrição do que é o problema e, no entanto, todas essas informações realmente pertencem ao seu sistema de rastreamento de problemas e deve ser duplicado. Um lugar melhor para anotar o número do problema seria no seu sistema de controle de versão como um comentário de confirmação. A vantagem é que você pode comparar versões e ver as alterações de código relacionadas a um problema específico, enquanto o próprio número do problema fornece o identificador necessário, se você deseja revisar o motivo da alteração no código.
Com tudo isso em mente, sugiro que não seja realmente uma boa prática, como adicionar números de problemas a comentários no seu código.